南航從2000年開始自建電子商務平臺，包括B2C、B2B、B2B2C幾種模式，主要服務于經銷商和代理機構，以及幫助他們服務于最終客戶。B2B2C占每天銷售額的40%左右，B2C的量相對較少，大概占2%～5%。B2B現在每天實時支付7000萬左右，占40%。

南航的電子商務包括營銷和服務環節，銷售客票，以及提供旅客到機場的自助值機或網上值機等后臺服務。電子商務由隸屬于IT部門的電子商務項目組負責，涉及到南航組織架構的各個環節，如營銷部門、服務部門、財務結算部門等。

南航在航空業內首推電子客票，使客戶不用拿著紙質機票，僅憑身份證就可以辦理登機手續，現在又發展到可以通過網絡和短信來辦理登機，最近南航在武漢為了應對高鐵沖擊，還做了一個便捷通行服務，客戶直接拿著身份證就可以登機，這完全改變了傳統航空業的客戶服務流程。南航也比電子客票由2000年所占很少的比例提升到現在的99%。

在這場由電子客票帶來的銷售變革里，航空公司的銷售、服務環節都受到了沖擊，在城市里的售票點基本取消，代理點基本也是用電話來接收客戶的購票需求，網上辦理購票。后臺通過客票的電子化降低了成本以及因紙質客票傳遞所產生的物流成本，以及對紙質憑證的管理成本。

電子客票也給登機業務產生了沖擊，在電子客票和紙質客票混雜的情況下，增加了服務人員的勞動量，以及業務難度。

南航通過電子商務網站經營電子客票，服務于經銷商以及最終客戶，三種模式的并存使得機票價格產生差異。為了照顧代理商的利益，客戶直接上南航網站通常不能拿到最低折扣的票價，這并非技術問題，而是營銷人員考慮到渠道喪失問題所做的經營決策。現在南航在自己的網站上針對最終客戶推出的最大優惠是提前營銷，即提前15天或45天上南航網站直接購票，可以拿到最便宜的價格。除此之外，南航的機票定價都會比代理人的高。

電子商務網站幫助南航節省了給代理機構的代理費，可以幫助航空公司盈利，但在目前國內機票代理銷售占主流的現狀下這種盈利優勢并不能大肆推廣。最近法國航空與荷蘭航空聯合推廣一種新模式，既在國內推出不給代理商返點，而由代理點通過增值服務來盈利的方式，南航信息中心副總經理黃文強認為這將帶來航空運輸業的又一輪革命。

黃文強認為，傳統航空公司發展自己的電子商務網站，應對其它互聯網競爭的核心是抓住客戶。南航在改善客戶體驗方面做了很多工作，包括推出便捷出行服務，簡化除安檢外的所有登機環節，使客戶體驗得以進一步改善。另外針對VIP客戶，以及連鎖酒店的核心客戶，登錄網站后可以拿到特殊的優惠，這也是針對核心客戶所做的經營舉措。